얼마 뒤에 金昌洙는 인천 監理署(감리서)에서 신문을 받았다. 개항장의 감리서는 江華島條約 이후로 개항장의 늘어나는 통상업무를 전담하고 개항장 안의 對外관계 사무를 합리적으로 처리하기 위해서 1883년 8월19일에 仁川과 元山과 釜山에 설치되었다. 그리고 1895년 5월의 지방제도 개편에 따라 한때 감리서가 폐지되었다가 이듬해 8월7일에 다시 설치되었다.33)
개항장의 최고책임자인 감리는 行政과 治安은 물론 司法까지 관할하고, 개항장 안에 거류하는 외국인의 인명 재산의 보호와 함께 외국인과 조선인 사이의 詞訟(사송: 민사소송)을 각국 영사와 상호 심사하는 권한을 가지고 있었다.34) 감리서와 함께 개항장의 치안업무를 담당하도록 1896년 8월10일에 각 개항장에 警務署가 설치되었다. 경무서의 최고책임자는 警務官인데, 경무관은 해당 감리의 지휘를 받았다.35) 이처럼 갑오경장으로 각 도와 개항장에 근대적인 재판소가 설치되기는 했으나 행정과 사법이 완전히 분리된 것은 아니었다. 그리하여 각 도의 관찰사는 재판소 판사를 겸임했고, 각 개항장의 감리는 개항장재판소 판사를 겸임했다.
이무렵의 인천감리는 李在正(이재정)이었다. 법부 협판을 역임한 이재정이 仁川府尹으로 발령받은 것은 1896년 8월6일이었는데,36) 이튿날 감리서가 설치되자 그는 인천부윤으로서 인천감리를 겸임하게 되었다.37) 이무렵 감리들은 외교적인 문제가 얽힌 사건을 다루기를 꺼려했는데,38) 그는 부임한 지 한 달도 되지 않아 치하포 사건과 같은 복잡한 사건을 맡게 된 것이었다.
독립신문에서는 은 단순 强盜로 보도
李在正은 3차 심리를 끝내자 바로 9월12일과 13일에 外部大臣과 法部大臣에게 치하포 사건의 경과와 조속한 사건처리를 요망하는 보고서를 보냈다.57) 이재정의 이 보고내용은 9월22일자 「독립신문」의 「잡보」란에 다음과 같이 간략히 보도되었다.
〈인천감리 이재정씨가 법부에 보고하였는데, 해주 金昌洙가 안악군 치하포에서 일본 장사 토전양량을 때려 죽여 강물 속에 던지고 환도와 은전을 많이 뺏었기로 잡아서 공초를 받아 올리니 照律處辦(조율처판)하여 달라고 하였더라.〉58)
정부는 공식적인 판결을 빨리 내리지 않았다. 그리하여 昌洙는 미결수로서 기약없는 감옥생활을 시작했다.